Не знаю. Я не патриарх всея Руси и не могу за него давать ответ. Честно говоря, думаю, что такого священника попросили бы с его должности. Вспомним все расколы Церкви.
Ну, а если он, вообще, Библию не признаёт? И в Христа не верит. Но священником быть хочет. Вот я - атеист. Представим себе, что я предложу свою кандидатуру на место, скажем, митрополита. Возьмут?

Вообще же, умный руководитель никогда не прогонит помощника, кооторый умно и грамотно ему возражает. Но, опять таки, если эти разногласия не выходят за определённые пределы, за которыми эти двое перестают быть единомышленниками.