В первом томе «Толкового словаря» Владимира Ивановича Даля забытый глагол «закадыкать», «закадычить» (скотину, кур), т.е. убить, зарезать, перерезать кадык. Приводится и возвратная форма глагола: «закадыкаться» («закадычиться») – значило умереть, особенно задохнуться угаром; удавиться, зарезаться.

Тут же, следом за этими мрачными, гнетущими истолкованиями, Даль приводит словосочетание «закадычный друг или товарищ» - «задушевный, верный, искренний, неизменный» и даже вот такое значение: «удалой, отчаянный, особенно относительно к товариществу».

Сегодня лингвисты сделали вывод, что великий собиратель богатств русского языка Владимир Иванович Даль был не всегда прав по части этимологии, т.е. происхождения слов и выражений, проще говоря, иногда он ошибался, объединяя слова и выражения по их внешнему, поверхностному сходству.

Совсем иную версию, иное значение выражения дает «Словарь русской фразеологии»....утверждаетс я, что это выражение значит буквально «собутыльник», что мотивировано сочетанием «залить за кадык».

В том же «Словаре» В.И.Даля есть ныне напрочь забытое слово «кочедык». А забыто оно потому, что так называлось особое шило для плетения лаптей. Даль приводит его с пометой «иногда говорится кадык».
А коли так, то «закадычный друг» может буквально означать такого близкого друга, что и лапти у него одним шилом сплетены с лаптями другого, т.е. два человека как бы связаны одной нитью.
 Возможно, поэтому они – закадычные друзья.

вот еще .Закадычный друг – в Древней Руси считалось, что душа человека находится за кадыком.
"Закадычный друг" означает друга задушевного, т.к считлось, что у предков славян бессмертная душа живет за кадыком, и от них к славянам уже начали переходить слова "схватить за душу" или "задушить", когда хватали за горло