Обычно делается так
(действие - прога)
1. Голая анимация с раскадровкой 3D объектов - Autodesk 3ds Max, 3d. Blender, LightWave 3D и др.
2. Если презентация включает видел с накладкой 3D то через Adobe After Effects складываем реал и виртуал.
3. Adobe Premiere - финальная сборка видео.

Проблема №1
Практически нет литературы на русском языке.

Проблема №2
Обучающие видео не успевают за прогрессом. Смотришь видео, а в новой версии проги эта же операция делается уже по другому.

Проблема №2
Нужно в себя вгрузить ОФИГЕННЫЙ объём знаний. Поэтому обычно 3d-шник не верстает в видеj. А видеомонтажёр не лезет в 3d.